The Amateur berättar historien om Charles Heller (Rami Malek), en CIA-kryptograf som efter att hans fru (Rachel Brosnahan) tragiskt dödats i en terroristattack i London kräver att hans chefer ska ge sig på dem. När det står klart att de inte kommer att agera på grund av motstridiga interna prioriteringar, utpressar han byrån att utbilda honom och låta honom gå efter dem själv.
